Das wissenschaftliche Konzept des Instituts basiert auf der Erkenntnis, daß die Erforschung der Meere, einem der vielfältigsten globalen Systeme, nur mit disziplinübergreifenden Methoden Erfolg verspricht. Eine umfassende Erforschung der marinen Lebensräume als Schaltstellen für die Entwicklung des Bioplaneten Erde setzt vielschichtige interdisziplinäre Wissenschaftsarbeit voraus.
Die Forschungsausrichtung des Instituts läßt sich in folgende Bereiche gliedern: